Universitas Respati Yogyakarta (UNRIYO) diselenggarakan oleh Yayasan Pendidikan (Yapen) Respati yang didirikan oleh Prof. Drs. H. Widodo Suparno, pada tahun 1978 di Jakarta. Pada awalnya Yapen Respati hanya menyelenggarakan Pendidikan Dasar dan Menengah di Jakarta, dan baru tahun 1986 mendirikan pendidikan tinggi yaitu Universitas Respati Indonesia (URINDO) di Jakarta.

Melihat perkembangan URINDO yang cukup pesat dan dukungan dari berbagai usaha Yayasan, antara lain bidang properti, agroindustri, perikanan dan peternakan, maka Yapen Respati mulai mengembangkan beberapa Perguruan Tinggi di luar Jakarta. Sekolah Tinggi Ilmu Kesehatan (STIKes) Respati Tasikmalaya yang berlokasi di Sindangparna Tasikmalaya Jawa Barat, didirikan tahun 2002. Setahun kemudian pada tahun 2003 berdirilah Sekolah Tinggi Teknologi Informatika (STTI) Respati dan Sekolah Tinggi Ilmu Kesehatan (STIKes) Respati Yogyakarta. Kemudian pada tahun 2007 didirikan pula Akademi Kebidanan (AkBid) Respati di Sumedang, Jawa Barat.

Sejak berdirinya tahun 2003, STTI Respati Yogyakarta telah menyelenggarakan 4 Program Studi (Prodi) yaitu S-1 Teknik Informatika, S-1 Sistem Informasi, D-3 Manajemen Informatika dan D-3 Komputerisasi Akuntansi. Selanjutnya Prodi D-3 Komputerisasi Akuntansi ditutup pada tahun 2014 karena animo mahasiswa sangat sedikit. Sementara itu STIKes Respati Yogyakarta menyelenggarakan 5 Prodi yaitu S-1 Kesehatan Masyarakat, S-1 Ilmu Gizi, S-1 Ilmu Keperawatan, D-4 Bidan Pendidik dan D-3 Kebidanan. STTI dan STIKes Respati Yogyakarta kemudian bergabung menjadi Universitas Respati Yogyakarta (UNRIYO), berdasarkan SK Mendiknas Nomor 233/D/O/2008 tertanggal 22 Desember 2008 dengan penambahan 4 (empat) Prodi baru bidang non-eksakta: yaitu : Prodi S-1 Ilmu Komunikasi, S-1 Akuntansi, S-1 Sastra Inggris dan S-1 Hubungan Internasional dan 1 (satu) Prodi bidang eksakta yaitu S-1 Teknik Elektro. Selanjutnya UNRIYO mendapat izin penyelenggaraan Program Pendidikan Profesi Ners sehingga UNRIYO saat berdiri untuk menyelenggarakan 14 Prodi dan 1 Program Pendidikan Profesi; yang terdiri dari 5 (lima) Prodi STIKes Respati, 4 (empat) Prodi STTI Respati ditambah dengan 5 Prodi baru yang sekarang dikelola oleh 3 (tiga) Fakultas berbeda, yaitu Fakultas Ilmu Kesehatan (FIKES), Fakultas Teknologi Informasi (FST) dan Fakultas Ilmu Sosial dan Ekonomi (FISE).

Semua Prodi yang dulunya tergabung dalam STIKES Respati Yogyakarta dan Program Pendidikan Profesi Ners sekarang dikelola oleh Fakultas Ilmu Kesehatan (FIKES). Sementara semua Prodi yang dulunya dikelola STTI Respati, sekarang dikelola oleh Fakultas Sains dan Teknologi (FST) ditambah dengan 1 (satu) Prodi baru S-1 Teknik Elektro. Sisanya 4 (empat) Prodi baru dikelola oleh Fakultas Ilmu Sosial dan Ekonomi (FISE), yaitu S-1 Ilmu Komunikasi, S-1 Akuntansi, S-1 Sastra Inggris dan S-1 Hubungan Internasional. UNRIYO juga mendapat izin penyelenggaraan Prodi D-3 Fisioterapi pada tahun 2015. Selanjutnya tahun 2017, UNRIYO terakreditasi B oleh BAN-PT

Kemudian Prodi D-4 Bidan Pendidik telah berubah nama menjadi Sarjana Terapan (D-4) Kebidanan berdasarkan SK Menristek Dikti No 189/KPT/I/2018. Namun demikian UNRIYO tidak melanjutkan penyelenggaraan Prodi Sarjana Terapan Kebidanan karena telah mendapat izin Penyelenggaraan Program Pendidikan Profesi Bidan (Profesi) Selanjutnya Prodi Program Pendidikan Profesi Bidan diubah menjadi Prodi Kebidanan Program Sarjana dan Program Pendidikan Profesi Biidan yang mulai menerima mahasiswa baru mulai tahun akademik 2019/2020 yang lalu.

Bersama Respati Raih Prestasi

CEO Respati

Prof. H. Widodo Suparno